Die Gesellschafterin der KNE gGmbH, die Umweltstiftung Michael Otto, hat für das KNE auf Vorschlag des Bundesministeriums für Umwelt, Naturschutz, Bau und Reaktorsicherheit einen KNE-Beirat berufen. Diesem Gremium gehören Vertreterinnen und Vertreter des Naturschutzes, der Energiewirtschaft, der Länder und Kommunen sowie aus Wissenschaft und Forschung an; sie werden persönlich ernannt.
Die Beiratsmitglieder werden zu geplanten Projekten, Forschungsvorhaben und Kooperationen sowie zur strategischen Entwicklung des KNE und der mittelfristigen Aufgabenplanung Stellung nehmen und wirken damit an der inhaltlichen Ausrichtung des KNE mit.
Den Vorsitz des Beirates führt (ohne Stimmrecht) die Umweltstiftung Michael Otto, vertreten durch die Stiftungsvorsitzende Claudia Bühler.

Claudia Bühler
Umweltstiftung Michael Otto (UMO),
Vorstand & Vorsitzende des Beirates

Wolfram Axthelm
Bundesverband Windenergie (BWE), Geschäftsführer
Stellvertretung: Lukas Schnürpel, BWE

Dr. Sebastian Bolay
Deutsche Industrie- und Handelskammer (DIHK), Bereichsleiter Energie, Umwelt, Industrie
Stellvertretung: Christoph Petri, DIHK

Bernd Düsterdiek
Deutscher Städte- und Gemeindebund (DStGB), Beigeordneter Gemeinde- und Stadtentwicklung, Raumordnung, Umwelt und Klimaschutz u.a.

Katharina Graf
Bundesverband der Energie- und Wasserwirtschaft (BDEW), Fachgebietsleiterin Abteilung Recht
Stellvertretung: Bastian Olzem, BDEW

Adrian Johst
Deutscher Naturschutzring (DNR), Präsidiumsmitglied
Stellvertretung: Florian Schöne, DNR

Michael Hormann
Niedersächsisches Ministerium für Umwelt, Energie und Klimaschutz

Daniel Hölder
Bundesverband Neue Energiewirtschaft (BNE), Vorstandsmitglied
Stellvertretung: Bernhard Strohmayer, BNE

Prof. Dr. habil. Ilke Marschall
Fachhochschule Erfurt
Stellvertretung: Inga Hahn, FH Erfurt

Prof. Dr. Ellen Matthies
Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg

Jörg Nitsch
Bund für Umwelt- und Naturschutz Deutschland Hessen (BUND Hessen), Landesvorsitzender

Maike Schmidt
Zentrum für Sonnenenergie- und Wasserstoff-Forschung (ZSW), Leiterin des Fachgebiets Systemanalyse
Stellvertretung: Frank Musiol, ZSW

Prof. Dr. Sabine Schlacke
Universität Greifswald

Dr. Nicole Spundflasch
Amtsleiterin, Landwirtschafts- und Umweltamt im Landkreis Uckermark

Stephan Zirpel
World Wide Fund for Nature Deutschland (WWF)
Stellvertretung: Matthias Meißner, WWF